為了探明日本列島一系列的異常地殼運動情況，地球物理學者田所雄介博士（小林桂樹 飾）與助手幸長信彥（瀧田裕介 飾）乘坐小野寺俊夫（藤岡弘 飾）駕駛的潛艇出海考察。在小笠原群島附近的海溝處，海底莫名其妙的亂泥流令博士憂心忡忡。經過對各方材料縝密慎重的調查，田所博士作出一個震驚全國乃至世界的預測“由於地球變動，日本即將在兩年之內完全沉入海底”。他的預測起初並未得到政府的完全信任，然而在此之後各地強烈地震相繼爆發，休滅火山也重新噴發，事態正以出乎意料的速度惡化。在這個與世隔絕的島國，人民陷入前所未有的瘋狂之中…… 本片根據小松左京的同名原作改編。